Cuando la erradicación de una especie falla o no es posible, se procede al control de las poblaciones de esa especie a niveles aceptables para que los daños ecológicos y socioeconómicos sean los menores posibles. Existen tres métodos de control que se usan a menudo, de forma individual o combinados: el químico, el mecánico y el biológico.
1.-Control químico: Es probablemente el principal método utilizado para combatir las pestes tóxicas en agricultura. Por ejemplo, en Estados Unidos los pesticidas lograron controlar con éxito a una hierba parásita de las raíces. Pero los controles químicos conllevan también muchos problemas, como riesgos para la salud humana y para la biodiversidad local. Además, es importante tener en cuenta la posibilidad de que muchas especies puedan desarrollar resistencia al pesticida.
2.-Control físico o mecánico: Hay ciertas especies que únicamente se pueden tratar de forma directa, extrayéndolas mecánicamente. Este método sólo es efectivo cuando el área invadida es pequeña. En el caso de la hierba del cuchillo (planta del género Carpobrotus), se ha intentado eliminarla con azadas para contener su expansión, ya que ningún otro método era apropiado. En la erradicación exitosa de los caracoles africanos gigantes de Florida y Australia, uno de los factores cruciales fue la recolección a mano de los individuos. También se puede considerar la caza como un método mecánico para mantener controladas las poblaciones de animales exóticos, como en el caso de la caza y trampeo utilizados para controlar poblaciones de pequeños mamíferos exóticos en Nueva Zelanda. Sin embargo, es poco probable que la caza por sí sola sea un método de control eficaz. Además las dificultad de encontrar a los organismos y los gastos de equipamiento para su extracción o caza hacen imposible aplicar este tipo de control en muchos casos.
3.-Control biológico: Como hemos explicado antes, una de las causas de expansión descontrolada de las especies es el hecho de que vienen sin sus depredadores naturales. Por lo tanto, una fórmula de controlar sus poblaciones es introducir a los enemigos naturales en el nuevo ecosistema. Esto ha tenido éxito en algunos casos, aunque se debe hacer de forma muy controlada porque la introducción de una especie exótica siempre supone un riesgo para la comunidad nativa. La invasión del hipérico (Hypericum perforatum) en Estados Unidos fue controlada mediante la introducción de un escarabajo herbívoro del género Chrysolina que se alimenta de esta planta.
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